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（一）辦公室。負責機關日常運轉工作。承擔機關文電、會務、信息、機要、保密、信訪、督查、檔案管理、政務公開、公務接待、財務、政府采購、國有資產管理、后勤保障等工作；負責機關和直屬單位的黨建、群團、機構編制、干部人事、離退休干部管理等日常工作。負責財政系統隊伍建設和教育培訓、對外交流與合作相關工作。
（二）預算科。編制縣級年度預算草案，匯總編制、調整和批復全縣財政預算，辦理全縣財政結算事項；提出縣級預算預備費動用方案；負責財政預算公開；擬訂財政轉移支付制度和財政政策，負責縣對鄉鎮（街道）的轉移支付工作；承擔全縣財政供養人員信息審核統計；負責承辦稅收先征后退工作；擬訂政府非稅收入管理制度和政策，開展非稅收入數據的匯總、分析等具體工作；負責擬訂和實施事業單位改革財政政策及制度。負責交通等聯系部門預算有關工作、各種專項資金的管理并進行追蹤問效；負責聯系單位財務運行的動態監管；審核匯總聯系單位部門決算；指導聯系單位內部控制規范相關工作。
（三）國庫科。執行國家金庫管理制度、財政總預算會計制度；執行國庫集中收付制度；匯總編制全縣財政總決算，匯總全縣行政事業單位部門決算，指導各預算單位推進決算公開工作；負責縣級行政事業單位工資統發；承擔非稅收入會計核算工作；組織財政預算執行分析及預測；負責縣級財政資金調度、撥付和會計核算；定期與人民銀行國庫部門、代理銀行、預算單位核對賬務；負責統一管理全縣預算單位財政賬戶，審核批準行政事業單位銀行賬戶；承擔國庫現金管理有關工作。
（四）行財科。負責行政、政法、教科文等聯系部門預算有關工作，研究提出相關財政政策，配合辦理預算相關事項；參與相關行業發展規劃和政策的研究制定工作；組織執行《政府會計制度——行政事業單位會計科目和報表》，擬訂行政事業性經費財務管理制度；會同有關部門管理相關專項資金；負責聯系單位財務運行的動態監管；指導聯系單位內部控制規范相關工作；初步審核匯總聯系部門（單位）年度財務決算。
（五）社保科。負責人力社保、醫療保障、民政、衛生健康、退役軍人事務、殘聯等聯系部門經費的預（決）算以及日常資金的使用、撥付和編報審核；負責社會保險基金、社會保障資金的使用、審批、撥付以及財務決算編報。會同有關部門管理就業、社會保障等專項資金；負責全縣各類社會保險基金的財務管理及監督檢查，參與基金的籌集等；負責聯系單位財務運行的動態監管；指導聯系單位財務監管相關工作。
（六）資產企業科。承擔經信、商務等聯系部門預算及專項資金管理工作。負責產業引導基金相關工作的協調管理。參與糧食等重要物資市場調控，研究提出相關財政政策。監督規范國有產權交易。擬訂和組織實施行政事業單位國有資產管理制度，承擔縣級行政事業類國有資產管理有關工作，會同相關部門對縣級行政事業單位車輛進行管理，負責縣級行政罰沒資產的處置管理工作。貫徹執行銀行、保險、信托等金融工作的法律法規和方針政策。
（七）農業農村科。承擔農業、林業、水利、鄉村振興等涉農部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；參與相關行業發展規劃和政策的研究制定工作；負責涉農資金的分配和管理并制定相關的財務管理辦法；對專項資金追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況；配合做好經費開支標準和定額建設；負責聯系單位財務運行的動態監管；審核匯總聯系單位部門決算；承擔全縣涉農資金統籌整合及監管工作；負責村級公益事業建設一事一議財政獎補和美麗鄉村示范點建設資金管理。指導鄉鎮（街道）財政、村級財務管理；審核匯總鄉鎮（街道）財政決算；負責基層政權建設資金監督管理。指導聯系單位內部控制規范相關工作。
（八）績效監督科職責。組織實施重點績效評價和監督檢查；優化績效管理考核方案，強化績效管理結果應用；建立和管理預算績效信息系統；指導和督促各預算單位開展預算績效管理工作；牽頭建立科學合理的預算績效管理機制和評價體系；組織開展事前績效評估；指導和督促預算單位編制預算績效目標、開展績效自評和績效運行監控；負責重點績效評價結果公開、指導推進預算單位績效信息公開。組織開展財會監督檢查、會計信息質量檢查、內部審計工作、內部控制工作；負責管理全縣會計工作，貫徹執行會計法律法規、制度，承辦會計專業技術資格報名審核工作，負責會計代理記賬機構審批和監管工作。監督財稅法規、政策和財經紀律的執行情況，負責財政法治宣傳、普法教育工作及辦理相關涉法性事務，承擔局機關有關規范性文件的合法性審查工作。
（九）政府債務科。擬訂和執行政府債務管理制度和政策，建立地方政府全口徑債務風險評估和預警機制，負責統一管理地方政府全口徑債務，監督指導鄉鎮（街道）政府性債務管理工作；歸口管理全縣政府外債，負責全縣利用國際金融組織和外國政府貸款、贈款的全過程監督管理。
（十）政府采購科。指導編制政府采購預算，下達政府采購計劃；擬訂《巫溪縣政府采購集中采購目錄和采購限額標準》；審批政府采購方式；負責政府采購信息發布及統計分析；負責政府采購信息化建設的組織工作；負責政府采購代理機構和評審專家的監督管理；負責政府采購投訴舉報案件的調查處理；監督管理全縣政府采購工作；審核落實各項稅收優惠政策補助，參與地方稅源調查有關工作；管理財政票據；負責規范公務員津貼補貼，負責實施事業單位績效工資。
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