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（一）綜合科。負責機關日常運轉，重要事項督查督辦，承擔機關文秘、會務、機要、保密、檔案、綜合信息、政務公開、信息、目標管理、政務接待、后勤服務等工作。負責機關和所屬單位黨建、群團、紀檢監察、意識形態、精神文明建設、對外宣傳、干部人事、隊伍建設、機構編制、離退休人員管理等工作。承擔輿情信息的收集上報和處置工作。承擔機關來信來訪接待和處理工作，指導所屬單位信訪穩定工作。負責交通運輸行業信息化建設管理工作，推進行業體制改革。負責本領域對外交流與合作。
（二）財務審計科。負責行業基本經費及專項資金申報、撥付及資金管理工作。負責編制局機關部門預決算及會計核算工作。負責行業內部審計工作，協助配合審計部門開展審計工作。負責指導行業財務管理工作，審核所屬單位部門預決算。負責機關和所屬單位國有資產管理。
（三）規劃計劃科。負責組織擬訂全縣交通綜合規劃及其子規劃。擬訂全縣交通建設年度（含國防交通保障）計劃和投資計劃。負責交通項目的前期策劃、申報和計劃安排，提出有關專項資金投資政策建議并監督實施。承擔交通行業統計、預測、信息工作。承擔岸線使用布局有關工作。承擔交通扶貧工作。負責擬訂地方鐵路、民航發展專項規劃，協調推進全縣鐵路、民航項目建設管理。協調管理鐵路、民航運輸工作。配合相關部門做好口岸和物流相關銜接工作。協調郵政發展相關工作。
（四）行政審批科。負責交通運輸行業行政審批制度改革工作。負責交通行政許可、非行政許可、公用服務事項的受理、審批和審核工作，并組織協調相關事項的論證、審查等工作。推進交通運輸行業行政審批服務便民化、標準化和相關電子政務工作。具體管理交通運輸行業政務服務窗口。
（五）建設管理科。貫徹執行交通項目建設管理相關政策、制度和標準并組織實施。負責交通建設項目設計審查、過程監管和竣工驗收等工作。承擔交通建設、公路養護市場監管及工程造價、設計變更、質量安全監督管理工作。負責全縣公路、橋梁、隧道、航道等養護技術業務指導。負責指導災害防治和搶修任務。負責交通建設行業信用體系建設工作。統籌指導交通建設行業生態環境保護和節能減排工作。
（六）運輸管理科（交通戰備辦公室）。負責全縣公路、水路和城市公共交通等綜合運輸市場的監管，組織指導和協調公路、水路、鐵路、民航、城市公交、郵政等各種運輸方式的運營工作。組織和監督實施重點物資、大宗物資、緊急客貨運輸調控和春運工作。配合有關部門研究制定運輸價格和收費標準。負責水陸運輸、客貨運站場、港口碼頭、機動車維修、駕培及租賃等交通運輸企業的監督管理，以及安全服務質量、服務信譽考核確認等工作。負責交通運輸行業信用體系建設工作。負責全縣交通戰備管理工作，按規定擬訂和實施國防交通物資儲備計劃，組織國防交通保障隊伍，負責全縣國防運力動員和征用工作，提供轄區內的軍事行動和其他緊急任務組織交通保障。
（七）安全法制科。貫徹執行交通運輸行業安全生產監督管理相關政策、制度和標準，負責交通運輸行業安全生產綜合監督和應急管理工作。按規定協調全縣交通領域重大突發公共事件的應急管理和處置。負責行業安全事故統計分析，依法組織或參與交通安全事故調查處理等工作。指導交通運輸行業應急預案編制與應急救援體系建設。負責統籌交通運輸行業安全執法管理工作。負責指導交通運輸綜合行政執法工作，負責本系統規范性文件的合法性審查，辦理相關涉法性事務。負責指導本系統社會治安綜合治理工作。
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